Le ZooCam

Le ZooCam est un couple instrument d'imagerie/logiciels d'analyse de l'image, dont le but est d'offrir une classification semi-automatisée des organismes.

Ces organismes sont issus des échantillons prélevés par le filet à plancton WP2 et le CUFES (voir l'article Un peu d'hydrologie )

Comment ça marche ?

Etape 1 : capture d'images

De l'eau de mer est captée, filtrée puis stockée dans un premier récipient (1). Un pompe (2) envoie cette eau de mer filtrée dans un agitateur d'une capacité de 5l. On y ajoute à la main les échantillons de zooplancton via l'entonnoir (4). L'agitateur permet d'éviter que les échantillons se s'accumulent au fond en attendant d'être analysés.

Puis, une pompe (5) va, à un rythme bien défini, faire passer l'eau de l'agitateur devant une cellule optique (6) par lot de 2cm³ environ. La camera (7) et la LED (8) qui agit comme flash prennent une photo de l'échantillon. Puis un nouvel échantillon chasse le précédent et est à son tour pris en photo. Ainsi de suite au rythme de 15 images/seconde. Parce que la camera, la LED et la pompe sont synchronisées, il n'y a pas de "trou" dans l'analyse ou d'échantillon photographié deux fois.

Etape 2 : le post-traitement

Chaque image est traitée afin d'améliorer la détection des particules, puis "auscultée" afin de repérer toutes les particules présentes. Si certaines sont assez grosses (9) d'autres sont beaucoup plus petites (10). Pour chacune de ces particules, une vignette individuelle est générée. Le logiciel compare ensuite ces vignettes à des vignettes de référence, et propose une classification. Tout ce travail fait aujourd'hui par informatique était auparavant fait à la main et au microscope.

Etape 3 : la validation

Seule étape humaine du processus. Marie-Madeleine ou Jonathan valide ou corrige les identifications proposées par le logiciel. Prochaine évolution prévue : ces corrections permettront au logiciel d'être plus précis à la prochaine utilisation.