Du 17 au 23 novembre

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Après avoir traversé une partie du sud de l’Océan Pacifique pour rejoindre le centre du gyre, nous repartons maintenant dans la direction opposée. Pas tout à fait, notre route est un peu plus au sud, au large des côtes Néo-Zélandaises (cf. carte). Et il reste encore trois nouveaux sites à découvrir avant notre retour sur la terre ferme. La majeure partie de la semaine a été consacrée au transit entre les sites SPG6 et SPG10. Au total, cinq longs jours de transit pendant lesquels les échantillons entassés dans les réfrigérateurs ont été conditionnés dans des flacons en verre, congelés a -80°C et analysés. Les sédiments sont aussi sous-échantillonnés à l’aide de seringues en plastiques stériles coupées à leurs extrémités. Une autre alternative pour prélever les eaux interstitielles a été utilisée et elle implique l’emploi de tubes fins filtrant reliés à une seringue.

Les réfrigérateurs et les congélateurs se remplissent rapidement de nos précieux échantillons. Quelques sous-carottes (WRC) destinées à l’étude microbiologique sont étalées sur des boîtes de pétri contenant des milieux de cultures spécifiques puis incubées afin de permettre le développement des microorganismes cultivables.

La clarté des eaux est estimée visuellement à l’aide d’un petit disque métallique noir et blanc qui est abaissé dans l’eau de surface à partir du navire. Pour le site SPG6 par exemple, ce petit disque est encore repérable à partir de la surface jusqu’à 42 mètres de profondeur : c’est probablement aussi clair qu’une piscine. Dimanche dernier, en plus de l’exercice d’abandon, nous avons également enfilé la combinaison de survie, dite combinaison sèche car l’eau n’y pénètre pas. C’est une précaution supplémentaire que le commandant nous suggère très justement car plus nous progressons dans notre aventure, c’est-à-dire vers le sud du Pacifique, plus les eaux de surface se refroidissent. D’ailleurs la température de l’air sur le pont est relativement fraîche, autour de 18°C, par rapport à ce que nous avons connu au début de l’expédition. Le commandant a donc mis à notre disposition les fameuses combinaisons afin de se familiariser avec l’étape d’enfilage qui demande une certaine dextérité et de la souplesse.

Certains finalisent leurs expérimentations et d’autres rédigent leur rapport ou préparent la présentation de leurs résultats. En effet, au terme de chaque prélèvement, une réunion scientifique permet de faire le bilan des résultats préliminaires. Au cours de cette réunion, le chef de mission nous présente également les objectifs pour le site suivant. Les prévisions météorologiques pour la fin de la semaine ne sont pas très bonnes puisque le commandant nous annonce une grosse tempête pour le 26 novembre qui risque de compromettre une partie des opérations de carottage. Malgré les prévisions un peu alarmantes, nous profitons d’un magnifique double arc-en-ciel et de la présence d’albatros majestueux.

Focus

Qu’est ce qu’une bactérie ?

Les bactéries sont des êtres vivants microscopiques, ou microorganismes, d'une taille de quelques microns (1 micron = 1 millième de millimètre). A l'origine, le mot "bactérie" (du mot grec bakteria, qui signifie "bâton") désignait tous les microbes en forme de bâtonnet. En réalité, les cellules bactériennes peuvent avoir différentes formes : sphérique ou coque, en virgule ou vibrio, en bâtonnet allongée, en hélice et même carré. Ces organismes ne sont composés que d'une seule cellule ; on dit qu'ils sont unicellulaires. Les bactéries se composent des éléments caractéristiques de toutes cellules : une membrane contenant le cytoplasme, substance colloïdale, et un noyau.

• La membrane cytoplasmique, comme celle des cellules supérieures, possède une perméabilité sélective avec l’extérieure. De plus, cette membrane assume des fonctions enzymatiques.
• Le cytoplasme bactérien contient des ribosomes, qui assurent la synthèse des protéines indispensables à la vie de la bactérie. Il existe également dans le cytoplasme d'autres molécules comme des inclusions lipidiques (par exemple : graisses, huiles), des particules minérales (par exemple : soufre, phosphate), des sucres et parfois, des pigments (de types chlorophylliens).
• Le noyau bactérien présente, lui aussi, une structure moins complexe que son équivalent dans les cellules supérieures eucaryotes. Sans membrane nucléaire, et ne contenant aucun nucléole, le matériel génétique est simplement constitué d'une chaîne géante d'acides désoxyribonucléiques (A.D.N.), portant le code génétique qui préside à la vie de la bactérie.
• Certains constituants caractérisent les bactéries. C'est, en particulier, le cas de la paroi protectrice qui recouvre la membrane cytoplasmique ; cette paroi rigide, qui donne à la bactérie une forme déterminée, lui permet de résister aux agressions extérieures.

Les bactéries sont des êtres vivants, c'est-à-dire qu'elles sont en relation avec leur milieu de vie, utilisant les éléments qui sont nécessaires à leur existence, et rejetant les substances qu'elles ne peuvent transformer. Elles éliminent également, selon leur espèce, diverses sécrétions : gaz, ferments, acides, etc.

Certaines bactéries sont appelées aérobies car elles ont besoin de l'oxygène comme accepteur d’électron pour vivre. Au contraire, les bactéries anaérobies ne survivent pas en présence d'oxygène. Il existe deux sortes de bactéries anaérobies, certaines sont dites anaérobies facultatives car elles peuvent survivre en utilisant indifféremment l'oxygène sous forme de gaz ou d’autres accepteurs d’électrons en conditions anaérobies (par exemple : nitrate, sulfate,…). D’autres sont anaérobies strictes, et peuvent se développer en absence totale d'oxygène (par exemple : méthanogène).

Presque toutes les bactéries utilisent des composés organiques comme source de carbone, on les appelle bactéries hétérotrophes. Par opposition, les bactéries autotrophes, fabriquent leurs propres constituants cellulaires. Par exemple, les bactéries photosynthétiques utilisent le soleil, l'eau et le dioxyde de carbone pour la synthèse de leurs constituants cellulaires. Les bactéries sont autotrophes ou hétérotrophes selon les sources de carbone disponibles dans leur environnement. Certaines bactéries ont également des petits flagelles pour nager.

La plupart des bactéries se reproduisent par scissiparité, c'est-à-dire par la division en deux cellules filles. Il s'agit d'un mode de reproduction asexuée. Le processus commence par une duplication de l'ADN. Il y a ensuite formation d'une paroi, isolant un noyau, dans chaque moitié de la bactérie ; et celle-ci se divise finalement en deux. La division du noyau étant plus rapide que celle de la bactérie elle-même, certaines cellules peuvent avoir deux ou même quatre noyaux. Par ailleurs, les cellules filles ne se séparent pas toujours complètement, et elles peuvent rester groupées en paires, qu'on appelle diplocoque, ou même former des groupes, qu'on appelle des chaînes ou grappes. Placées dans des conditions de vie défavorables, les bactéries peuvent produire une spore (forme de résistance). Lorsque la spore se retrouve dans un milieu favorable, elle germe et donne naissance a une bactérie, qui pourra alors croître normalement et se reproduire à son tour. Cette faculté de sporulation explique que l'on ait pu assister au développement de colonies bactériennes sur un substrat de terre dans un bocal pendant des années mais également dans les environnements sédimentaires profonds.